Optimasi Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) Untuk Identifikasi Polimorfisme Gen SLCO1B1 Sebagai Farmakogen Statin
DOI:
https://doi.org/10.29313/bcsp.v3i2.8381Keywords:
Farmakogenomik, Statin, SLCO1B1, PolimorfismeAbstract
Farmakogenomik merupakan suatu ilmu dengan menggunakan informasi genetik yang bertujuan untuk mengurangi efek obat yang merugikan. Informasi genetik yang digunakan biasanya dalam bentuk Single Nucleotide Polymorphisms (SNP), salah satunya yaitu SLCO1B1. SLCO1B1 merupakan salah satu variasi genetik yang dapat mempengaruhi toksisitas suatu obat, salah satunya yaitu statin. Statin dikenal sebagai obat yang memiliki efek samping berupa miopati. Varian alel SLCO1B1 yang sering dikaitkan dengan statin adalah rs4149056 atau SLCO1B1*5. Penelitian ini bertujuan untuk membuat primer yang spesifik untuk mengidentifikasi polimorfisme gen SLCO1B1 (rs4149056) dan menetapkan kondisi optimum dari metode PCR yang sesuai pada identifikasi polimorfisme gen SLCO1B1 dalam statin. Penelitian dilakukan secara in silico dan lab basah di Prodia Jakarta. Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer forward 5’-GGT TGT TTA AAG GAA TCT GGG TCA T-3’ dan primer reverse 5’-GCA GCA GCC ACA AGA AGA CT-3’ yang telah didesain mampu mengidentifikasi polimorfisme gen SLCO1B1 (rs4149056) pada kondisi optimal konsentrasi DNA template 10 ng/5 μl dan suhu annealing 59°C. Sehingga, dapat disimpulkan bahwa polimorfisme gen SLCO1B1 (rs4149056) berpengaruh sebagai farmakogen statin.
Pharmacogenomics is a science using genetic information that aims to reduce the adverse effects of drugs. The genetic information used is usually in the form of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), one of which is SLCO1B1. SLCO1B1 is one of the genetic variations that can affect the toxicity of a drug, one of which is statins. Statins are known as drugs that have side effects in the form of myopathy. The SLCO1B1 allele variant often associated with statins is rs4149056 or SLCO1B1*5. This study aims to create a specific primer to identify the SLCO1B1 (rs4149056) gene polymorphism and establish the optimum conditions of the appropriate PCR method on the identification of SLCO1B1 gene polymorphisms in statins. The research was conducted in silico and wet lab at Prodia Jakarta. The results showed that the forward primer 5'-GGT TGT TTA AAG GAA TCT GGG TCA T-3' and the reverse primer 5'-GCA GCA GCC ACA AGA AGA CT-3' that had been designed were able to identify SLCO1B1 gene polymorphism (rs4149056) under optimal conditions of template DNA concentration of 10 ng/5 μl and annealing temperature of 59 °C. Thus, it can be concluded that the polymorphism of the SLCO1B1 gene (rs4149056) has an effect as a statin pharmacogen.
References
[2] Iqbal, M., Buwono, I. D. and Kurniawati, N. (2016) ‘Analisis Perbandingan Metode Isolasi DNA Untuk Deteksi White Spot Syndrome Virus (WSSV) Pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei) Comparative Analysis of DNA Isolation Methods for Detection White Spot Syndrome Virus (WSSV) in White Shrimp (Litopenaeus vann’, Jurnal Perikanan Kelautan, VII(1), pp. 54–65.
[3] Kurniawati, M. D., Sumaryam, dan Nurul H. (2019). Aplikasi Polymerase Chain Reaction (PCR) Konvensional dan Real Time-PCR untuk Deteksi Virus VNN (Viral Nervous Necrosis) pada Ikan Kerapu Macan (Epinephelus fuscoguttatus). Jurnal Techno-Fish, Vol. 3. No. 1, 2581-1592, E-ISSN: 2581-1665.
[4] Ludyasari, A. (2014). Skripsi: Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR Terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus Elegan) Laguna Segara Anakan Cilacap Jawa Tengah. Malang: Universitas Islam Maulana Malik Ibrahim Malang.
[5] Matlock, B. (2015) ‘Assessment of Nucleic Acid Purity’, Technical Bulletin NanoDrop Spectrophotometers, pp. 1–2.
[6] Nuryady, M. M., Husamah, H., Miharja, F. J., Hindun, I., & Patmawati, P. (2020). Desain dan Optimasi Primer Gen Pengkode MRPA Trypanosoma evansi dan Penerapan pada Pembelajaran Biologi Molekuler. Jurnal Penelitian Dan Pengkajian Ilmu Pendidikan: E-Saintika, 4(2), 211. Doi: 10.36312/e-saintikav4i2.217
[7] Rahman, M. T. et al. (2013) ‘Polymerase Chain Reaction (PCR): A Short Review’, Anwer Khan Modern Medical College Journal, 4(1), pp. 30–36. doi: 10.3329/akmmcjv4i1.13682.
[8] Ramakumari, N., Indumathi, B., & Krishna, S. (2018). Impact of pharmacogenetics on statin-induced myopathy in South-Indian subjects. Indian Heart Journal, 70, S120–S125. https://doi.org/10.1016/j.ihj.2018.07.009
[9] Robledo, M., dkk. (2019). Utilidad del gen SLCO1B1 como marcador de interés en la farmacogenómica de las estatinas. Revista Colombiana de Cardiologia, Vol. 26. No. 1. pp. 24 – 30. doi: 10.1016/j.rccar.2018.05.006.
[10] Sambrook, J. and Russel, D. W. (2001) Molecular Cloning A Laboratory Manual Volume 2. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. doi: 10.3724/sp.j.1141.2012.01075.
[11] Turkmen, et al. (2021). Statin treatment effectiveness and the SLCO1B1*5 reduced function genotype: long-term outcomes in women and men. doi: https://doi.org/10.1101/2021.10.12.21264886, Available at: medrxiv.org.
[12] Turrahmi, M., Nurhidayani, N., Hasyimuddin, H., & Pabendon, M. B. (2021). Uji kualitas dan kuantitas tanaman jewawut (setaria italic) di Balai Penelitian Tanaman Serealia Kabupaten Maros. Filogeni: Jurnal Mahasiswa Biologi, 1(2), 57–62. https://doi.org/10.24252/filogeni.v1i2.23803.
[13] Verma et al. (2014). Review Article: Scientific Concepts Of Polymerase Chain Reaction (PCR). International Journal of Pharmaceutical Sciences and Research, Vol. 5. No. 8. pp. 3086 – 3095. E-ISSN: 0975-8232; P-ISSN: 2320-5148.
[14] Weinshilboum, R. M., MD dan Liewei W., MD, PhD. (2017). Pharmacogenomics: Precision Medicine and Drug Response. Mayo Clin Proceedings, Vol. 92, No. 11. pp. 1711 – 1722. doi: 10.1016/j.mayocp.2017.09.001.
